電子帳簿保存法の対応　義務は電子取引データの保存だけ。やらなくていい範囲と猶予措置の条件

電子帳簿保存法には3つの制度が同居していて、国税庁が「対応が必要」と書いているのはそのうち1つだけです

• 国税庁の最新パンフレットは、3つの制度を①電子帳簿等保存【希望者のみ】②スキャナ保存【希望者のみ】③電子取引データ保存【法人・個人事業者は対応が必要】と書き分けています。条文の言い回しも違い、①②の根拠である4条・5条は電子データの保存を紙の保存に「代えることができる」、③の根拠である7条は「保存しなければならない」です（出典：国税庁「電子帳簿等保存制度を活用して、デジタル化をさらに進めてみませんか？」、令和8年6月、および同「電子帳簿保存法の概要」、2026年11月3日確認）
• 義務である③にも、原則ルールに間に合わない会社のための猶予措置があります。所轄税務署長が「相当の理由」があると認め、税務調査でデータのダウンロードと出力書面の提示に応じられるなら、電子取引データを保存しておくだけで足ります。しかも国税庁は相当の理由の例として「人手不足」「システム整備の資金不足」「システム整備が間に合わない」を挙げており、事前届出は不要です。ただし使えるのは事情が続いている間で、整備が間に合わない等の事情が解消された後の電子取引には適用されません
• 「守らないと青色申告が取り消される」も「取り消されない」も、どちらも正確ではありません。国税庁の一問一答は「取消対象となり得ます」と書き、同時に「保存時に満たすべき要件の違反があったことをもって直ちに必ず行われるものではなく」、違反の程度・記帳状況・改善可能性等を総合勘案すると書いています。取消しの実際の基準は事務運営指針にあり、隠蔽・仮装の事実に基づく所得金額が更正所得金額の50%を超え、かつ500万円以上という線が示されています

「電子帳簿保存法」で検索すると、会計ソフト会社のメディアが上位に並びます。3区分の説明も要件の一覧もよく整理されていますが、読み終えても社長の手元には「結局どこまでやれば法令上セーフなのか」が残りません。制度の説明と、自社が何を買って何を買わないかの判断は別のものです。この記事は、義務の範囲を条文の言い回しで確定させ、やらなくていい範囲を名指しで切り、間に合わないときの逃げ道と、守らなかったときに実際に起きることまでを国税庁の資料で押さえます。電子化の着手順そのものはバックオフィスDXの7つのステップで扱っているので、本稿はその手前、法令が引いている線だけを引き受けます。

最初に結論：3区分のうち義務は1つ、残り2つは手を出さなくてよい

（出典：国税庁「電子帳簿等保存制度を活用して、デジタル化をさらに進めてみませんか？」、令和8年6月／国税庁「電子帳簿保存法の概要」、2026年11月3日確認。スキャナ保存で財務省令により除かれる書類は電子帳簿保存法規則2条）

この表の意味は2つあります。第一に、「代えることができる」と書かれている制度を見送っても、法令違反は起きません。紙の保存義務はもともと法人税法・所得税法の側にあり、①②は「紙の代わりに電子でもよい」という選択肢を足しているだけです。選択肢を使わなければ、紙のまま保存するという元の義務が残るだけで、罰則の話にはなりません。第二に、③は選択肢ではありません。電子で受け取った請求書を紙に出して原本を捨てる運用は、この時点で要件を外れます。電子取引データを出力した書面をスキャナ保存して済ませる、という抜け道も国税庁は明確に否定しています（出典：国税庁「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】」、令和8年7月、問99）。

❌ 「電帳法に対応しないとまずい」と聞いて、スキャナ保存に対応した書類電子化サービスから検討を始める ⭕ 義務は③の電子取引データ保存だけだと確かめ、①②は当面やらないと決めてから、③の満たし方を2択（原則ルールか猶予措置か）で考える

本稿は電子帳簿保存法という1つの制度の話です。デジタル化・DX全体で自社がどの段階にいて次に何を決めるかは、中小企業のDXの進め方で扱っています。

自社は対象か——電子取引を1件でも行っていれば対象になる

電子取引とは、取引情報（注文書、契約書、送り状、領収書、見積書その他これらに準ずる書類に通常記載される事項）の授受を電磁的方式により行う取引のことです。国税庁は具体例として、いわゆるEDI取引、インターネット等による取引、電子メールにより取引情報を授受する取引（添付ファイルによる場合を含む）、インターネット上にサイトを設けそのサイトを通じて取引情報を授受する取引を挙げています（電子帳簿保存法2条5号。出典：国税庁「電子帳簿保存法の概要」、2026年11月3日確認）。

国税庁のチェックシートは、該当する例をさらに具体的に挙げています。取引先からのメール、EDI、クラウド等で受領した見積書・納品書・請求書、ECサイトで購入した商品の請求書や領収書、インターネットのみで確認できるクレジットカード、ネットバンキング、水道光熱費などの明細書等です（出典：国税庁「電子取引データ保存要件チェックシート」、令和6年11月）。この並びを見ると、「うちは紙の商売だから関係ない」と言い切れる会社はかなり限られます。電気・ガス・水道の明細をWebで見ているだけでも該当します。

保存する期間は紙と同じで、7年または10年

③に特別な保存期間はありません。法人は帳簿と取引等に関して作成または受領した書類を、その事業年度の確定申告書の提出期限の翌日から7年間保存します。青色申告書を提出した事業年度で欠損金額（青色繰越欠損金）が生じた事業年度などは10年間です（出典：国税庁「No.5930 帳簿書類等の保存期間」、2026年11月3日確認）。つまり、いまフォルダに集めはじめたデータは、最長で10年先まで取り出せる状態を保つ必要があります。保存先を担当者個人のパソコンに置かない、という設計判断がここから出てきます。

いつから義務なのか——書面保存が認められなくなったのは令和6年1月1日以後の取引

電子取引データの書面保存は、令和3年度の税制改正で廃止されました。令和4年1月1日から令和5年12月31日までの取引には、税務署長がやむを得ない事情を認めれば書面保存を認める経過的な扱いがありましたが、令和6年1月1日以後に行う電子取引については、出力した書面等による保存をもって電磁的記録の保存に代えることはできません（出典：国税庁「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】」、令和8年7月、問98）。2026年11月の時点で「まだ猶予期間だから」という理解は成り立ちません。残っているのは後述の猶予措置だけで、これは制度そのものに期限はありませんが、自社にとっては事情が続いている間だけの措置であり、要件があります。

電子取引データ保存の原則3ルールと、システムを入れずに満たす方法

（出典：国税庁「電子帳簿保存法対応！令和6年1月以降の電子取引データの保存方法について」、令和6年11月／同「電子取引データ保存要件チェックシート」、令和6年11月。各要件の条項は電子帳簿保存法規則4条1項各号・2条2項2号・2条6項5号イロハ）

3つとも「買わずに済む」と書きました。これは買うなという意味ではなく、この制度への対応は投資の意思決定ではなく運用の設計から始まるという意味です。国税庁のリーフレット自身が「専用のシステムを導入しない方法もあります！」と書いています。月額のソフト費用を決める前に、ファイル名の付け方と置き場所を決めるほうが先です。

検索要件は、売上規模で免除される場合がある

③の検索要件には、規模による免除があります。基準期間（2年（期）前）の売上高が5,000万円以下の方等は、税務調査等の際に電子取引データのダウンロードの求めに応じることができるようにしていれば、検索要件そのものを満たす必要がありません（出典：国税庁「電子帳簿保存法対応！令和6年1月以降の電子取引データの保存方法について」、令和6年11月）。

ここで単位の確認をしておきます。国税庁の原文は「基準期間（2年（期）前）の売上高」です。当期の売上ではなく2期前、課税売上高ではなく売上高、という2点がずれやすいところです。解説記事では「年間課税売上高5,000万円以下」と書かれていることがありますが、判定するときは国税庁の表記に戻してください。また、消費税の少額特例で使われる「基準期間の課税売上高1億円以下等」とは別の制度です。数字が似ているので、社内で混同しないよう注意が必要です。

もう1つの免除経路もあります。電子取引データを出力した書面を、取引年月日その他の日付及び取引先ごとに整理された状態で提示・提出できるようにしている場合も、ダウンロードの求めに応じられるようにしていれば検索要件は不要になります（令和5年度税制改正。出典：国税庁「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】」、令和8年7月、問98の解説）。ただし国税庁は同じ箇所で「出力した書面だけではなく、その基となった電磁的記録についても保存する必要があります」と明記しています。紙のファイリングを続けてよいという話ではなく、紙のファイリングが整っていれば検索の仕組みを作らなくてよい、という話です。

事前の承認や届出は要らない

原則ルールで保存するのに、税務署への申請や届出は要りません。令和3年度税制改正で事前承認制度は廃止されています（出典：国税庁「JIIMA認証情報リスト」、2026年11月3日確認）。手続が要るのは、後述する優遇措置を受ける場合だけです。「税務署に出す書類の準備から始めなければ」と身構える必要はありません。

❌ 要件の一覧を見て「タイムスタンプ付きのサービスが必要だ」と判断し、年間契約を結んでから運用を考える ⭕ 改ざん防止は国税庁のサンプルを使った事務処理規程で満たし、検索は索引簿かファイル名規則で満たしてから、残った不便をソフトで埋めるか判断する

原則ルールに間に合わないときの猶予措置——「資金不足」も相当の理由になる

（出典：国税庁「電子帳簿保存法対応！令和6年1月以降の電子取引データの保存方法について」、令和6年11月／同「電子取引データ保存要件チェックシート」、令和6年11月／同「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】」、令和8年7月、問94・問95。根拠は電子帳簿保存法規則4条3項）

この措置の重さは、「資金不足」が制度の側から相当の理由として認められていることにあります。解説記事の多くは猶予措置の存在に触れるだけで、どんな理由が通るかを書きません。その結果「理由を認めてもらえるか分からないから、とりあえずソフトを入れよう」という判断になります。国税庁が資金不足を例示しているという事実は、投資の順番を変えます。いま資金を割けないなら、データを消さずに保存し、調査で出せる状態を作ることを先に満たせば足ります。ただしこれは先送りの許可ではなく、順番の入れ替えです。国税庁は、整備が間に合わない等の事情が解消された後に行う電子取引については相当の理由があるとは認められないとし、事情が解消された後は「保存時に満たすべき要件に従った電子データの保存ができるよう準備していただく必要があります」としています。猶予措置は、整備できた時点で原則ルールに戻す前提の措置として使ってください。

従業員が立て替えた経費の電子領収書も、会社の電子取引になる

中小企業で漏れやすいのがここです。従業員が支払先から電子データで領収書を受領する行為も、それが会社の行為として行われる場合は会社としての電子取引に該当します。国税庁は、会社として取りまとめて保存・管理することが望ましいとしつつ、集約するまでの一定の間は従業員のパソコンやスマートフォン等にデータを保存しておき、検索機能を損なわないよう会社としても日付・金額・取引先の検索条件に紐づく形で、そうした保存状況にあることを情報として管理することも認められるとしています（出典：国税庁「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】」、令和8年7月、問12）。

ただし同じ回答には注意書きが付いています。税務調査の際に保存データの検索に特段の措置が取られておらず、整然とした形式・明瞭な状態で速やかに出力できない場合は、「会社として、その電磁的記録を適正に保存していたものとは認められない」とされています。立替精算を紙の領収書の提出だけで回している会社は、経費精算のルールを変えるという決定が必要になります。精算フローの見直しそのものは業務効率化の進め方で扱う「作り方を変える」側の論点です。

守らなかったら何が起きるか——「取消対象となり得る」と「直ちに取り消される」は違う

（出典：国税庁「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】」、令和8年7月、問98／国税庁「電子帳簿等保存制度を活用して、デジタル化をさらに進めてみませんか？」、令和8年6月）

取消しの実際の基準は、事務運営指針に数字で書かれている

「総合勘案」の中身は公開されています。国税庁長官の事務運営指針「法人の青色申告の承認の取消しについて」（平成12年7月3日、令和8年6月30日改正）は、趣旨として「法人税法第127条第1項各号に掲げる事実及びその程度、記帳状況、改善可能性等を総合勘案の上、真に青色申告書を提出するにふさわしくない場合について行う」としています。そして隠蔽・仮装の場合の基準として、隠蔽または仮装の事実に基づく所得金額（不正所得金額）が更正後の所得金額の50%に相当する金額を超えるとき（不正所得金額が500万円に満たないときを除く）に承認を取り消す、と定めています（出典：国税庁「法人の青色申告の承認の取消しについて（事務運営指針）」）。

同じ指針には、保存要件とは別に、もっと近い危険が書かれています。帳簿書類の備付け・記録・保存とは「単に物理的に帳簿書類が存在することのみを意味するにとどまらず、これを税務職員に提示することを含む」ものであり、税務調査で提示を求めたのに拒否した場合は取消事由に該当し、提示がされなかった事業年度のうち最も古い事業年度以後の事業年度について承認を取り消す、とされています。指針が名指ししているのは「提示を拒否した場合」ですが、備付け等に提示が含まれる以上、「データがどこにあるか分からず出せない」状態も同じ土俵で評価され得ると読むのが自然です（ここは指針の文言からの読み取りで、国税庁が明記しているわけではありません）。猶予措置の⑵が「調査で出せること」を要件にしている理由も、ここにあります。

❌ 「青色申告が取り消されるかもしれない」という不安だけで、使いこなせない価格帯の文書管理システムを稟議に上げる ⭕ 取消しは総合勘案で判断されると確かめ、まず「調査で求められたら出せる状態」を作り、漏れた分は原因と再発防止策を記録して改善可能性を示す

やらなくていい範囲と、令和9年から効く優遇措置

（出典：国税庁「電子帳簿等保存制度を活用して、デジタル化をさらに進めてみませんか？」、令和8年6月。デジタルシームレス保存の新設そのものは国税庁「請求書等を帳簿に自動連携する仕組みに対応した制度が新設されました〜令和7年度税制改正による電子帳簿等保存制度の見直しの概要〜」、令和7年4月による。同資料の時点では青色申告特別控除は65万円と書かれており、令和8年6月のパンフレットで75万円への引き上げが示されている。本稿は新しいほうを採った）

この表で見落としやすいのが、デジタルシームレス保存は③電子取引データ保存の上に乗る制度だという点です。国税庁のパンフレットは「デジタルシームレス保存は、電子取引データ保存の要件を満たしていることが前提です」と書いています。つまり、猶予措置に乗って原則ルールを満たしていない会社は、この優遇の検討対象にまだ入っていません。優遇を取りにいくより先に、③の原則ルールを満たすほうが順番として前になります。

「あらかじめ届出」は、期首前という意味ではない

優遇措置はどれも事前の届出が要る、と聞くと「期が始まる前に出さなければ今期は諦める」と受け取りがちです。国税庁のパンフレットはこの点を独立の問答で説明していて、「あらかじめ」とは適用を受ける年分（事業年度）の法定申告期限までだとしています。例として、個人事業者が令和8年分から優良な電子帳簿やデジタルシームレス保存の優遇を受けたい場合は、令和9年3月15日までに届出書を提出すればよいと書かれています。また、既に優良な電子帳簿で青色申告特別控除65万円の適用を受けている場合は、改めて届出書を提出しなくても75万円の適用が受けられます（出典：国税庁「電子帳簿等保存制度を活用して、デジタル化をさらに進めてみませんか？」、令和8年6月）。

混同しないでほしいのは、届出の期限と実体要件の期限は別だという点です。過少申告加算税の5%軽減は「その課税期間の初日から優良な電子帳簿として備付け・保存を行っていること」が要件なので、期中に帳簿の運用を始めても当期には間に合いません。間に合うのは書類の提出だけで、中身の運用は期首から要る、という二段構えです。

②スキャナ保存は、経営者が決めることがほとんどない

解説記事の多くは、スキャナ保存の要件（解像度・カラー・タイムスタンプの付与期間が最長約2か月＋概ね7営業日に緩和された、など）に紙幅を割いています。本稿がそれを追わないのは、②には税制上の優遇が付かず、やらなくても法令違反にならないからです。紙の請求書をスキャンして原本を捨てたいという要望が現場から上がってきたときに初めて、要件の細目を担当者が確認すれば足ります。社長が決めるのは「紙の保管スペースのために投資するか」であって、要件そのものではありません。①電子帳簿等保存も同じで、会計ソフトの帳簿を紙に出して保存し続けてよい以上、これも急ぐ判断ではありません。

デジタルシームレス保存は「仕組み」が条件なので、ソフト選定の論点になる

令和7年度税制改正で新設されたデジタルシームレス保存は、国税庁の定義では「請求書等の電子取引データを自動で保存し、帳簿に自動連携する仕組み」です。要件は3つで、①改ざん防止の確保（データの送受信と保存を、訂正削除履歴が残るシステムまたはそもそも訂正削除ができないシステムで行う）②記帳の適正性確保（電子取引データの金額の訂正削除を行った上で電子帳簿に記録することができないこと、または訂正削除の事実を確認できるようにしておくこと）③電子帳簿との相互関連性確保です。

さらに、使うシステムに条件が付きます。国税庁長官が定める基準に適合するシステムとは、①デジタル庁が管理する仕様に従って送受信されたデジタルインボイス（「Invoice JP PINT」または「JP Self-Billing」）、または②預貯金口座における決済データのいずれかの電子取引データについて、上記の要件に従って保存できる機能を有するシステムのことです（出典：国税庁「請求書等を帳簿に自動連携する仕組みに対応した制度が新設されました」、令和7年4月）。

ここが実務上の意味です。デジタルシームレス保存は、会計ソフトを入れ替えれば自動的に満たせるものではなく、請求のやり取り自体をデジタルインボイス（Peppol）か口座の決済データに寄せる必要があります。取引先との請求のやり方を変える話なので、経理の社内作業ではなく取引条件の話です。いま検討するとすれば「次にソフトを更新するとき、デジタルインボイスに対応した経路を選べるか」を確認しておく、という程度が妥当です。消費税のインボイス制度側の論点はインボイス経過措置は2026年10月に7割へで扱っています。

優遇措置は、実際にはほとんど使われていない

優先順位を決める材料として、実績の件数を見ておきます。優良な電子帳簿に係る過少申告加算税の軽減措置を受けるための届出書の提出件数は、法令の施行日（令和4年1月1日）以降令和5年6月末時点までの累計で、法人5,176件・個人24,337件・合計29,513件です（出典：国税庁「「国税関係帳簿の電磁的記録等による保存等に係る過少申告加算税の特例の適用を受ける旨の届出書」の提出件数（令和5年6月末時点）」、2026年11月3日確認）。

この数字は累計であり、公表時点も令和5年6月末です。その後増えている可能性はありますし、国税庁はこのページで法人数などの分母を示していないため、普及率は計算できません。それでも、施行から1年半で法人の届出が5千件台だったという事実は、この優遇が「全社が当然に取るもの」ではないことを示しています。優良な電子帳簿は、その課税期間の初日から要件を満たして備付け・保存していることが必要で、期中に思い立っても当期には間に合いません。年度の切り替えに合わせて検討する項目として、来期の論点リストに置くのが現実的です。

社長が30分で決める3つのこと

①棚卸し——「どこから電子で受け取っているか」を一覧にする

最初の作業は買い物ではなく棚卸しです。メールの添付、取引先のWeb請求書サイト、ECサイトの購入履歴、ネットバンキングの明細、クラウドサービスの利用明細、公共料金のWeb明細、従業員の立替精算。この一覧を作らないと、原則ルールで行けるかどうかの判定もできません。担当者を1人決めて、期限を2週間で切ります。

②判定——国税庁のチェックシートの順番で分岐させる

判定は自己流の順番でやらず、国税庁のチェックシートの順番に従います。入口は「電子取引を行っていますか」で、ここがNoなら保存の必要はありません。Yesなら原則要件の1〜3（改ざん防止／ディスプレイ・プリンタの備付け／3項目での検索）を順に見て、どれか1つでもNoなら猶予措置の2要件（相当の理由／税務調査等の際に対応できる）を見ます。両方を満たせば猶予措置の適用を受けられ、満たさなければ「猶予措置を含めてルールに従った保存ができていません」という結論になります（出典：国税庁「電子取引データ保存要件チェックシート」、令和6年11月）。

社長が見るのは最後の分岐だけで構いません。「原則ルールを満たしている」「猶予措置に乗っている」「どちらでもない」の3つのうちどれかを報告させてください。3つ目なら、相当の理由（人手不足・資金不足・システム整備が間に合わない）に当たるかを確認し、調査で出せる状態を作ることを先に指示します。

③改ざん防止——規程で済ませるか、システムを買うか

改ざん防止は4つの選択肢のうち1つを選べばよく、事務処理規程を選べば費用はかかりません。国税庁は各種規程等のサンプルを公開しています。一方、受領するデータの量が多く、ファイル名の付け替えや索引簿の更新が月に何時間もかかるなら、システムを買う判断があり得ます。判断の基準は「法令を満たせるか」ではなく「人の時間がいくら減るか」です。法令はどちらでも満たせるからです。

この判断を、電子申請や賃金のデジタル払いといった他の電子化と並べて着手順を組むなら、バックオフィスDXの7つのステップで全体の順番を扱っています。保存先のアクセス権と持ち出しのルールまで決めるならサイバーセキュリティの基礎知識、取引先との契約書を電子でやり取りする際の見落としは契約書のチェックポイントが近い論点です。

❌ 全社メールを丸ごとアーカイブして「これで保存した」とする ⭕ 取引情報を含むデータだけを対象に、日付・金額・取引先で引ける形に集約する（すべての電子メールを保存しなければならないわけではない）

まとめ

電子帳簿保存法の対応は、法律の全体を勉強してから始めるものではありません。国税庁が3つの制度のうち1つにだけ「法人・個人事業者は対応が必要」と書いていて、その1つが電子取引データ保存です。残り2つは条文の言い回しからして「代えることができる」という選択肢であり、見送っても法令違反は起きません。

義務である電子取引データ保存にも、原則3ルールと猶予措置という2つの満たし方があります。原則ルールは事務処理規程と索引簿で費用をかけずに満たせ、それでも間に合わないなら、人手不足や資金不足を相当の理由として猶予措置に乗れます。どちらにしても共通して必要なのは、電子で受け取ったデータを消さずに残し、税務調査で求められたら出せる状態です。これだけは猶予措置でも免除されません。そして猶予措置は、整備が間に合わない等の事情が続いている間の措置です。事情が解消したあとの電子取引には使えないため、いつ原則ルールに戻すかを決めたうえで乗ってください。

守らなかった場合は、青色申告の承認の取消対象となり得ます。ただし取消しは違反の程度・記帳状況・改善可能性等を総合勘案して判断され、保存漏れ1件で直ちに行われるものではありません。恐怖で過剰に投資する必要はなく、同時に放置してよいという意味でもない、という線です。漏れに気づいたら、原因と再発防止策を記録に残してください。それが改善可能性の材料になります。

優遇措置は急ぐ順位にありません。優遇が付くのは①の延長にある優良な電子帳簿と、③の上に乗るデジタルシームレス保存で、②スキャナ保存に対応する優遇はありません。過少申告加算税の5%軽減は課税期間の初日からの備付けが要件で、期中に始めても当期には効きません。デジタルシームレス保存による重加算税10%加重の適用除外は令和9年1月1日以後に法定申告期限が到来する国税から、青色申告特別控除75万円は令和9年分以後の所得税からの適用です。いま決めるべきは、次にソフトや請求のやり方を変えるときに、デジタルインボイスの経路を選べるようにしておくことだけです。

よくある質問